Hubo polémica entre gobierno y municipios por importar vacunas. Recientemente el Ministerio de Salud, expidió un comunicado dando luz verde a la importación de vacunas por parte de los cabildos del país, pero explicando que «los municipios deberán realizar una solicitud formal al ministro de salud pública, adjuntando una carta oficial del laboratorio productor de la vacuna de la covid-19, mediante la cual se establezca el tipo de vacuna y su disponibilidad para proceder a la aprobación por parte de la agencia nacional de regulación, control y vigilancia sanitaria, ARCSA». Sin embargo, más temprano en otro oficio enviado por el ministro de Salud, Rodrigo Farfán, a la Asociación de Municipalidades del Ecuador, se detalla que ante dicha intención, «las iniciativas municipales de orden sanitario, de conformidad con el Código Orgánico de Organización Territorial, deben articularse con el sistema de salud pública nacional de inmunización, como ente rector nacional de vacunación y deben acogerse a las fases de priorización establecidas en el plan nacional de vacunación ecuador 2021«.
Sobre la preocupación de organizaciones civiles por esta posibilidad, el ministro agregó que se «está realizando la correspondiente consulta al procurador General del Estado a efectos de que la ejecución de esta colaboración se dé en el estricto cumplimiento de los principios legales correspondientes» Hubo polémicas porque no había una confirmación por parte de esta cartera de Estado, pese a que en días anteriores, la alcaldesa de Guayaquil, Cynthia Viteri, explicó que el municipio conversó con tres laboratorios farmacéuticos para importar 2 millones de vacunas.En un comunicado señaló que el Gobierno impide con este pronunciamiento la compra de vacunas en Guayaquil. Añadió que cada día que el gobierno demora la autorización de la compra de vacunas mueren 11 personas más por covid-19, solo en Guayaquil.
El alcalde de Cuenca, Pedro Palacios, criticó que ante la urgencia de tener más vacunas, en esta carta no se está considerando más laboratorios farmacéuticos, además de los aprobados por la FDA de Estados Unidos.
